Monoyer qua đời ở tuổi 76. Mộ ông được đặt tại Nghĩa trang Guillotière ở Lyon. Vào 13 tháng 7 năm 1912, một cuộc tiễn đưa của bạn bè và các thành viên Khoa Y, Đại học Lyon đã đưa giáo sư Monoyer về nơi an nghỉ cuối cùng. Giáo sư Hugounenq nhắc lại sự nghiệp của Monoyer với tư cách hiệu trưởng Đại học Lyon, phó giáo sư Nogier phát biểu thay mặt các học trò cũ và Louis Dor đọc một diễn văn thay mặt Hiệp hội nhãn khoa Lyon.[5]

Bài phát biểu vinh danh Monoyer của Chủ tịch Hiệp hội Y khoa quốc gia Lyon trong phiên họp 11 tháng 11 năm 1912 của Hiệp hội đã kết luận: "Để nhớ đến học giả này, Hiệp hội Y khoa cúi đầu với sự tôn trọng và nỗi buồn. Hiệp hội đã mất đi một người bạn, một người cố vấn, người đã luôn suy nghĩ và đào sâu."[5]